Izomeria cis-trans, znana również jako izomeria geometryczna, jest przede wszystkim związana ze związkami, które mają ograniczoną rotację wokół wiązania podwójnego lub struktury pierścieniowej. W przypadku alkinów, które zawierają co najmniej jedno wiązanie potrójne (-C≡C-), pod pewnymi warunkami istnieje możliwość wystąpienia izomerii cis-trans. Jednakże alkiny na ogół nie wykazują izomerii cis-trans tak często i wyraźnie jak alkeny (związki z wiązaniami podwójnymi).
Głównym powodem, dla którego alkany (węglowodory nasycone z wiązaniami pojedynczymi) i alkiny zazwyczaj nie wykazują izomerii cis-trans, jest nieograniczona rotacja wokół ich odpowiednio pojedynczych i potrójnych wiązań. W alkanach rotacja wokół wiązań pojedynczych pozwala na swobodny ruch atomów lub grup przyłączonych do atomów węgla, uniemożliwiając utrwalenie ich w konfiguracji cis lub trans. Podobnie w alkinach wiązanie potrójne ogranicza rotację bardziej niż wiązania pojedyncze, ale nadal zapewnia wystarczającą elastyczność, aby w większości przypadków zapobiec stabilnemu tworzeniu się izomerów cis i trans.
Potrójne wiązania w alkinach mogą teoretycznie wykazywać izomerię cis-trans, gdy do każdego węgla wiązania potrójnego są przyłączone dwa różne podstawniki i występuje ograniczona rotacja wokół wiązania potrójnego. Jednakże zakres izomerii cis-trans w alkinach jest ogólnie ograniczony w porównaniu z alkenami, gdzie obecność podwójnego wiązania tworzy przeszkodę przestrzenną, która ogranicza rotację i pozwala na stabilne konfiguracje cis i trans.
Izomeria cis i trans nie dotyczy wyłącznie alkenów, ale najczęściej obserwuje się ją w związkach z wiązaniami podwójnymi ze względu na ograniczoną rotację wokół tych wiązań. Geometryczny układ podstawników wokół wiązania podwójnego może prowadzić do konfiguracji cis (podobne podstawniki po tej samej stronie) lub trans (podobne podstawniki po przeciwnych stronach), wpływając na właściwości fizyczne i chemiczne cząsteczki. Chociaż alkiny mogą wykazywać izomerię cis-trans w określonych warunkach, jest ona mniej rozpowszechniona w porównaniu z alkenami, gdzie ten typ izomerii jest częściej obserwowany i badany w chemii organicznej.
