Geometrik izomerizm olarak da bilinen Cis-trans izomerizmi, öncelikle bir çift bağ veya bir halka yapısı etrafında dönüşü kısıtlayan bileşiklerle ilişkilidir. En az bir üçlü bağ (-C≡C-) içeren alkinler durumunda, belirli koşullar altında cis-trans izomerizmi olasılığı mevcuttur. Ancak alkinler genel olarak alkenler (çift bağlı bileşikler) kadar sık veya belirgin bir şekilde cis-trans izomerizmi sergilemezler.
Alkanların (tek bağa sahip doymuş hidrokarbonlar) ve alkinlerin tipik olarak cis-trans izomerizmi göstermemelerinin birincil nedeni, sırasıyla tekli ve üçlü bağları etrafındaki sınırsız dönüşten kaynaklanmaktadır. Alkanlarda, tekli bağların etrafındaki dönüş, karbon atomlarına bağlı atomların veya grupların serbest hareketine izin vererek bunların cis veya trans konfigürasyonunda sabitlenmesini imkansız hale getirir. Benzer şekilde alkinlerde üçlü bağ, rotasyonu tekli bağlardan daha fazla kısıtlar ancak yine de çoğu durumda cis ve trans izomerlerin stabil oluşumunu önlemek için yeterli esnekliğe izin verir.
Alkinlerdeki üçlü bağlar, üçlü bağın her bir karbonuna iki farklı sübstitüent bağlandığında ve üçlü bağ etrafında dönme kısıtlı olduğunda teorik olarak cis-trans izomerizmi sergileyebilir. Bununla birlikte, alkinlerdeki cis-trans izomerizminin kapsamı, alkenlerle karşılaştırıldığında genellikle sınırlıdır; burada çift bağın varlığı, dönüşü kısıtlayan ve stabil cis ve trans konfigürasyonlarına izin veren sterik bir engel oluşturur.
Cis ve trans izomerizmi alkenlere özel değildir ancak bu bağların etrafındaki sınırlı dönüş nedeniyle en yaygın olarak çift bağ içeren bileşiklerde gözlenir. Sübstitüentlerin bir çift bağ etrafındaki geometrik düzeni cis (aynı taraftaki benzer sübstitüentler) veya trans (karşıt taraflardaki benzer sübstitüentler) konfigürasyonlarına yol açarak molekülün fiziksel ve kimyasal özelliklerini etkileyebilir. Alkinler belirli koşullar altında cis-trans izomerizmi sergileyebilirken, bu tür izomerizmin organik kimyada daha yaygın olarak gözlemlendiği ve incelendiği alkenlere kıyasla daha az yaygındır.