Yapısal izomerler, atomların bağlantıları ve/veya moleküller içinde atomların birbirine bağlanma sırası bakımından farklılık gösterir. Farklı yapısal formüllere sahiptirler ancak aynı moleküler formüle sahiptirler. Öte yandan konformasyonel izomerler, aynı molekülün, tekli bağlar etrafındaki dönüşlerle birbirine dönüştürülebilen farklı uzaysal düzenlemelerini ifade eder. Bu düzenlemeler tipik olarak stabildir ve aynı molekülün bağlantısını değiştirmeden farklı konformasyonlarda bulunur.
Konformasyonel izomerler özellikle aynı molekülün, tekli bağlar etrafındaki dönüşlerle birbirine dönüştürülebilen farklı uzaysal düzenlemelerini ifade eder. Bu farklı konformasyonlar, atomların bağlantılarındaki değişiklikleri değil, molekülün uzaysal yönelimlerini içerir.
Yapısal izomerler, moleküler yapılarında farklılık gösteren tüm izomer türlerini kapsayan daha geniş bir kategoridir. Bu, farklı atom bağlantılarına sahip izomerleri (yapısal izomerler) ve ayrıca uzaysal düzenlemelerinde farklılık gösteren izomerleri (stereoizomerler) içerir.
İzomerler, aynı moleküler formüle sahip ancak farklı yapılara veya uzaysal düzenlemelere sahip farklı bileşikleri ifade eder. Bununla birlikte uyumlu olanlar, özellikle aynı molekülün, tekli bağlar etrafında dönüş yoluyla birbirine dönüştürülebilen farklı uzaysal düzenlemelerini ifade eder. Uyumlular genellikle stabildir ve aynı molekülün farklı konformasyonlarını temsil eder.
Konfigürasyon izomerleri, enantiyomerler ve diastereomerler gibi kovalent bağları kırmadan birbirine dönüştürülemeyen bir tür stereoizomerlerdir. Bir veya daha fazla kiral merkez etrafındaki atomların uzaysal düzenlemeleri bakımından farklılık gösterirler. Öte yandan konformasyonel izomerler, herhangi bir kovalent bağ kırılmadan tekli bağlar etrafında dönüş yoluyla birbirine dönüştürülebilen aynı molekülün farklı uzaysal düzenlemelerini ifade eder. Konfigürasyon izomerleri sabit uzaysal düzenlemelerinde farklıdır, konformasyonel izomerler ise birbirine dönüştürülebilen farklı uzaysal yönelimleri temsil eder.