Structurele isomeren verschillen in hun connectiviteit van atomen en/of de volgorde waarin atomen binnen moleculen aan elkaar gebonden zijn. Ze hebben verschillende structuurformules, maar dezelfde molecuulformule. Conformationele isomeren verwijzen daarentegen naar verschillende ruimtelijke arrangementen van hetzelfde molecuul die onderling kunnen worden omgezet door rotaties rond enkele bindingen. Deze arrangementen zijn doorgaans stabiel en bestaan als verschillende conformaties van hetzelfde molecuul zonder de connectiviteit ervan te veranderen.
Conformationele isomeren verwijzen specifiek naar verschillende ruimtelijke arrangementen van hetzelfde molecuul die onderling kunnen worden omgezet door rotaties rond enkele bindingen. Deze verschillende conformaties brengen geen veranderingen met zich mee in de connectiviteit van atomen, maar eerder in de ruimtelijke oriëntaties van het molecuul.
Structurele isomeren vormen een bredere categorie die alle soorten isomeren omvat die verschillen in hun moleculaire structuren. Dit omvat isomeren met verschillende connectiviteit van atomen (structurele isomeren), evenals isomeren die verschillen in hun ruimtelijke ordening (stereo-isomeren).
Isomeren verwijzen naar verschillende verbindingen die dezelfde molecuulformule hebben, maar verschillende structuren of ruimtelijke arrangementen. Conformers verwijzen echter specifiek naar verschillende ruimtelijke arrangementen van hetzelfde molecuul die onderling kunnen worden omgezet door rotatie rond enkele bindingen. Conformers zijn meestal stabiel en vertegenwoordigen verschillende conformaties van hetzelfde molecuul.
Configuratie-isomeren zijn een soort stereo-isomeren die niet onderling kunnen worden omgezet zonder covalente bindingen te verbreken, zoals enantiomeren en diastereomeren. Ze verschillen in de ruimtelijke rangschikking van atomen rond een of meer chirale centra. Conformationele isomeren verwijzen daarentegen naar verschillende ruimtelijke arrangementen van hetzelfde molecuul die onderling kunnen worden omgezet door rotatie rond enkele bindingen zonder covalente bindingen te verbreken. Configuratie-isomeren onderscheiden zich door hun vaste ruimtelijke rangschikkingen, terwijl conformationele isomeren verschillende ruimtelijke oriëntaties vertegenwoordigen die onderling converteerbaar zijn.