Izomery strukturalne różnią się łącznością atomów i/lub kolejnością, w jakiej atomy są ze sobą związane w cząsteczkach. Mają różne wzory strukturalne, ale ten sam wzór cząsteczkowy. Z drugiej strony izomery konformacyjne odnoszą się do różnych układów przestrzennych tej samej cząsteczki, które mogą ulegać wzajemnej konwersji poprzez rotacje wokół pojedynczych wiązań. Układy te są zazwyczaj stabilne i istnieją jako różne konformacje tej samej cząsteczki bez zmiany jej łączności.
Izomery konformacyjne odnoszą się w szczególności do różnych układów przestrzennych tej samej cząsteczki, które mogą ulegać wzajemnej konwersji poprzez rotacje wokół pojedynczych wiązań. Te różne konformacje nie obejmują zmian w łączności atomów, ale raczej w orientacji przestrzennej cząsteczki.
Izomery strukturalne to szersza kategoria, która obejmuje wszystkie typy izomerów różniących się strukturą molekularną. Obejmuje to izomery o różnej łączności atomów (izomery strukturalne), a także te, które różnią się układem przestrzennym (stereoizomery).
Izomery odnoszą się do różnych związków, które mają ten sam wzór cząsteczkowy, ale różne struktury lub układy przestrzenne. Jednakże konformery odnoszą się w szczególności do różnych układów przestrzennych tej samej cząsteczki, które mogą ulegać wzajemnej konwersji poprzez obrót wokół pojedynczych wiązań. Konformery są zwykle stabilne i reprezentują różne konformacje tej samej cząsteczki.
Izomery konfiguracyjne to rodzaj stereoizomerów, których nie można poddać wzajemnej konwersji bez zerwania wiązań kowalencyjnych, takich jak enancjomery i diastereoizomery. Różnią się przestrzennym rozmieszczeniem atomów wokół jednego lub większej liczby centrów chiralnych. Z drugiej strony izomery konformacyjne odnoszą się do różnych układów przestrzennych tej samej cząsteczki, które można wzajemnie przekształcać poprzez obrót wokół pojedynczych wiązań bez zrywania jakichkolwiek wiązań kowalencyjnych. Izomery konfiguracyjne różnią się ustalonymi układami przestrzennymi, podczas gdy izomery konformacyjne reprezentują różne orientacje przestrzenne, które można wzajemnie konwertować.