Cis ve trans izomerler, organik moleküllerde bir çift bağ veya bir halka yapısı etrafında ikame edicilerin düzenlenmesi nedeniyle ortaya çıkan geometrik izomer türleridir. Cis ve trans terimleri, bu ikame edicilerin birbirlerine göre uzaysal yönelimini belirtir.
Cis izomerlerinde benzer veya aynı ikame ediciler, çift bağın veya halka yapısının aynı tarafında konumlandırılır. Bu konfigürasyon, ikame edicilerin molekülün aynı tarafında birbirine daha yakın olduğu, genel şeklini ve özelliklerini etkileyen farklı bir uzaysal düzenleme yaratır.
Trans izomerler ise çift bağın veya halka yapısının karşıt taraflarında konumlandırılmış benzer veya aynı ikame edicilere sahiptir. Bu düzenleme, ikame edicilerin molekül boyunca birbirinden daha uzak olduğu bir uzaysal oryantasyonla sonuçlanır, bu da cis muadilleriyle karşılaştırıldığında farklı bir genel şekle ve potansiyel olarak farklı kimyasal özelliklere yol açar.
Bir molekülün cis mi yoksa trans mı olduğunu belirlemek için, ikame edicilerin çift bağ veya halka yapısı etrafındaki uzaysal düzenlemesinin incelenmesi gerekir. Benzer veya aynı gruplar çift bağın (veya halkanın) aynı tarafındaysa molekül cis’tir. Tersine, eğer bu gruplar çift bağın (veya halkanın) karşıt taraflarındaysa, molekül transtır.
Kimyada “cis” terimi, benzer veya aynı grupların bir çift bağın veya bir halka yapısının aynı tarafında konumlandırıldığı uzaysal bir konfigürasyonu tanımlamak için kullanılır. Bu uzaysal düzenleme spesifik stereokimyasal özelliklerle sonuçlanır ve molekülün diğer moleküllerle etkileşimlerini ve reaktivitesini etkiler.
Cis ve trans izomerler arasındaki enerji farkı, ilgili spesifik moleküllere ve bunların moleküler yapılarına bağlı olarak değişebilir. Bazı durumlarda cis ve trans izomerleri, sterik engelleme, dipol-dipol etkileşimleri veya rezonans etkileri gibi faktörlerden dolayı farklı stabilitelere sahip olabilir. Genel olarak trans izomerler, belirli bağlamlarda cis izomerlere kıyasla daha düşük enerji seviyeleri sergileyebilir, bu da stabilite ve reaktivite dahil olmak üzere kimyasal ve fiziksel özelliklerinde farklılıklara yol açar. Bu enerji farklılıklarını anlamak, geometrik izomerlerin çeşitli kimyasal reaksiyonlar ve biyolojik süreçlerdeki davranışlarını tahmin etmek ve açıklamak için çok önemlidir.