Cis ve trans izomerler, organik moleküllerde bir çift bağ etrafında veya bir halka yapısı içindeki ikame edicilerin uzaysal düzenlemesinden kaynaklanan spesifik geometrik izomer türleridir. Cis ve trans izomerler arasındaki fark, bu ikame edicilerin göreceli yöneliminde yatmaktadır.
Örneğin, iki karbon atomu arasında çift bağ bulunan ve her bir karbon atomuna bağlı iki ikame ediciye sahip bir molekülü düşünün. Bir cis izomerinde, her bir karbon atomundaki her iki ikame edici, çift bağın aynı tarafındadır. Tersine, bir trans izomerde, her bir karbon atomundaki ikame ediciler, çift bağın zıt taraflarındadır.
Bir molekülün cis veya trans izomerizmi sergileyip sergilemediğini belirlemek, onun yapısal formülünü veya uzaysal modelini analiz etmeyi içerir. Benzer ikame ediciler çift bağın (cis) aynı tarafındaysa, bu bir cis izomeridir; zıt taraflardalarsa (trans), bu bir trans izomerdir. Bu geometrik düzenleme, uzaysal oryantasyondaki ve potansiyel sterik engellemedeki farklılıklar nedeniyle molekülün kaynama noktası, erime noktası ve reaktivite gibi fiziksel özelliklerini etkiler.
Cis-trans izomerizmi, çift bağın veya bağ etrafında dönmeyi kısıtlayan bir halka yapısının bulunduğu organik moleküllerde mümkündür. Cis ve trans izomerlerin belirlenmesine yönelik kurallar, ikame edicilerin uzaysal düzenlemesinin ve bunların çift bağ veya halka boyunca birbirleriyle nasıl ilişkili olduğunun anlaşılmasını içerir. Genel olarak, benzer gruplar çift bağ veya halka yapısının aynı tarafında olduğunda “cis” terimi, zıt taraflarda olduklarında “trans” terimi kullanılır. Bu terimler, geometrik izomerleri, organik kimyadaki kimyasal ve fiziksel özelliklerini etkileyen uzaysal konfigürasyonlarına dayalı olarak tanımlamak ve sınıflandırmak için sistematik bir yol sağlar.