Cis ve trans izomerler, organik moleküllerdeki bir çift bağ etrafındaki veya bir halka yapısı içindeki ikame edicilerin farklı uzaysal düzenlemeleri nedeniyle ortaya çıkan geometrik izomer türleridir. Cis ve trans izomerler arasındaki temel fark, ikame edicilerin birbirine göre konumlandırılmasında yatmaktadır.
Cis izomerlerinde benzer veya aynı ikame ediciler, çift bağın veya halka yapısının aynı tarafında konumlandırılır. Bu uzaysal düzenleme, ikame edicilerin molekülün bir tarafında birbirine daha yakın olduğu bir konfigürasyonla sonuçlanır.
Tersine, trans izomerler, çift bağın veya halka yapısının karşıt taraflarında konumlandırılmış benzer veya aynı ikame edicilere sahiptir. Bu düzenleme, ikame edicilerin molekül boyunca birbirinden daha uzakta olduğu geometrik bir konfigürasyon yaratır.
Cis ve trans konformasyon terimleri, molekülün genel yapısından bağımsız olarak, özellikle bir çift bağ etrafında veya bir halka içinde ikame edicilerin uzaysal düzenlemesini ifade eder. Bu terimler, ikame edicilerin çift bağ veya halka boyunca konumları açısından birbirlerine göre nasıl yönlendirildiklerini açıklamak için kullanılır.
Bir molekülün cis veya trans izomerizm sergileyip sergilemediğinin belirlenmesi, çift bağ veya halka etrafındaki ikame edicilerin konumlarını tanımlamak için moleküler yapının analiz edilmesini içerir. İlgili ikame ediciler molekülün aynı tarafındaysa cis’tir; eğer zıt taraftalarsa transtır. Bu analiz, cis ve trans izomerlerin farklı uzaysal düzenlemeleri nedeniyle farklı stabilitelere ve etkileşimlere sahip olabilmesi nedeniyle molekülün fiziksel ve kimyasal özelliklerinin anlaşılmasına yardımcı olur.
Organik kimyada “syn” terimi “cis” teriminden farklı şekilde kullanılır. Cis ve trans spesifik olarak bir çift bağ veya halka etrafındaki geometrik izomerizmi tanımlarken, “syn” genellikle ikame edicilerin bir molekülün aynı tarafında olduğu spesifik bir uzaysal düzenlemeyi ifade eder. Bu terimin kapsamı daha geniştir ve cis izomerizmi sergileyenlerle sınırlı olmamak üzere çeşitli moleküler yapılara uygulanabilir. Bu nedenle, “syn” bazen cis konfigürasyonunu tanımlayabilirken, organik moleküllerde daha geniş bir uzaysal düzenleme aralığını kapsar.